課程結構關系到研究生的知識結構和科研技能。由于生物醫學工程在職研究生專業理工醫復合交叉的特點，課程設置也和其它學科有所區別。目前，我國生物醫學工程在職研究生博士學科點只有一級學科，卜而沒有設置二級學科，主要原因就是生物醫學工程在職研究生涉及到的學科領域太廣，它的研究方向和課題廣泛滲透于醫學、生物、電子、計算機、材料等學科。當然，每個高校在生物醫學工程在職研究生領域的研究都很難做到大而全，而是根據自身的優勢和特點，選擇其研究領域，并進而決定其課程設置。

譬如清華大學生物醫學工程在職研究生專業的主要研究方向包括生物芯片、神經工程、微納醫學等，尤其是以程京院士為主的生物芯片技術占主導地位，因此，該校生物醫學工程在職研究生的課程設置就以生物類為主，輔之以《生理系統仿真與建模》、《數字信號處理》、《隨機信號的統計處理》、《醫學成像系統》等課程。我校的生物醫學工程在職研究生專業目前主要側重于醫學成像與圖像處理、醫學儀器與生物傳感器等，因此，課程設置也以電子信息類課程為主，如《醫學成像原理》、《醫學圖像處理》、《神經網絡與模式識別》、《醫學儀器原理》等。

另外，由于大部分高校的生物醫學工程在職研究生研究生招生幾乎是而向所有的工程學科，因此，以前沒有學過醫學類課程的研究生，一般高校都會要求學生加以補修。有些導師也會根據研究課題的需求或個人研究領域的需求要求學生選修一些相關課程。如我校的新入學生物醫學工程在職研究生研究生，如果以前沒有學過醫學類課程，我們一般會要求學生補修《人體解剖生理學》、《病理學》等課程;有些研究生還會根據導師的需求補修《生理系統仿真與建模》、《現代數字信號處理》、《生物力學》、《生物化學》、《醫學儀器》等課程。