藥學專業碩士學位在職研究生的培養才剛剛起步，因此，在管理體制上存在一定的制度缺失，雙導師制作為一種新的機制，尚未建立起與之相適應的完善和規范的管理制度，因此校企雙方需制訂出一套完整的管理制度，可以同一學校對不同企業提出同一要求，也可以對不同企業有不同要求，均應有協議。內容應全面考慮，甚至包括學生在企業中的土作方式、計劃時一間安排、生活補貼、福利待遇、安全等細節問題都要預先考慮清楚，從學生入校一直到畢業的全部培養過程以書面的形式固定，形成一套規范化的管理模式。

總之，醫藥行業是一個多學科先進技術和手段高度融合的高科技產業，涉及國民健康、社會穩定和經濟發展，所需要的職業種類也越來越多，所以藥學碩士專業學位的設立是一種不可阻擋的趨勢，雙導師制的培養模式也在不斷的完善中趨于成熟。雙導師制的培養模式在藥企的支持協助下必將使得藥學碩士專業學位更具有吸引力，同時一為醫藥行業輸送更多不同需求的高水平應用型人才。