教育科學研究院成立于2000年12月，是華中科技大學所屬的教學與科研機構，前身為1980年10月創立的高等教育研究室。

1985年6月13日高等教育研究室擴充改建為高等教育研究所，2000年12月16日高等教育研究所與校內國家大學生文化素質教育基地、全國學位與研究生教育發展中心武漢研究基地、《高等工程教育研究》雜志等單位合并，組建教育科學研究院。

經過三十多年的建設和發展，學院在學科建設、科學研究、人才培養和社會服務等方面取得了長足的發展，已形成了“嚴要求、高起點、厚基礎、求是、創新、重實踐”的辦學傳統。