2016年2月，南京理工大學獲得首批“網絡空間安全”一級學科博士點授予權，同年網絡空間安全專業正式開始招收碩士研究生、博士研究生，并獲批成為“江蘇省十三五重點學科”建設學科。2018年，網絡空間安全專業正式開始招收本科生。2019年，南京理工大學網絡空間安全學院成立。

網絡空間安全學院位于美麗的江陰校區，將堅決貫徹開放式、國際化、高水平辦學。學院現設網絡空間安全、數據科學與大數據技術等專業，所設專業均屬計算機科學與技術、網絡空間安全、軟件工程、數學、統計學等學科的交叉性專業。專業建設依托國家重點學科“模式識別與智能系統”、一級學科博士點“計算機科學與技術”、“網絡空間安全”和“數學”，以“寬專業、厚基礎、重能力、高素質”為培養原則，注重培養基礎扎實、知識面寬、能力強、素質高、具有創新精神，能夠在相關領域與行業從事科學研究、科技研發、工程設計、技術應用以及技術管理等工作，能夠解決領域復雜科技與工程問題的復合型高層次專門人才。